Van een luchtvaartmaatschappij wordt verwacht dat zij (net als nu) na de invoering van EES controleren of hun passagiers over een geldig visum beschikken voordat zij naar Europa vliegen. Omdat EES het handmatig stempelen vervangt, vindt die controle straks plaats via het EES. Hiervoor moet een airline geregistreerd zijn bij de Europese IT-beheerder EULisa.
Passagiers krijgen te maken met een aangepast grensproces op de luchthaven. Om ervoor te zorgen dat passagiers op de hoogte zijn van het feit dat ze zich bij aankomst in Europa moeten registreren in het EES, is het verzoek aan airlines om hun passagiers vooraf te informeren over de verandering bij aankomst. Zo kunnen zij bijdragen aan een soepele invoering van EES.
Conform de verordening worden gegevens van een aantal categorieën personen niet in het EES ingevoerd. Dit betreft onder andere piloten en andere bemanningsleden van luchtvaartuigen als zij in het bezit zijn van een ‘crew member licence’ of ‘crew member certificate’ zoals bedoeld in ICAO annex 9. Crew hoeft zich dus niet te registreren in het EES, mits zij in het bezit zijn van de juiste documenten. Airlines die vragen hebben hierover kunnen contact opnemen met het Ministerie van Justitie en Veiligheid via grenzenenveiligheid@minjenv.nl.